京都教区は教区総会を最高の議決機関として、滋賀県、京都府の諸教会・伝道所の地域共同体としての教務を遂行します。教区総会では2年を任期とする三役、同じく2年を任期とする常置委員が選出され、三役と常置委員は常置委員会を組織し、教区総会に代わって総会期中の教務を遂行します。
また、教務及び事務遂行のために各部(京都教区規則の規定による)及び常設委員会と特設委員会(教区総会の議決による)が組織されています。なお、京都教区は部落差別問題の克服のために「日本基督教団京都教区部落解放センター」を設置、規約は教区総会で決定され、その運営は特設委員会である教区部落解放センター運営特設委員会によって行われています。
更に、京都教区はその教務遂行のため、三つの地区を置いています。各地区はそれぞれ自律的に組織され、それぞれの総会を議決機関としてその教務を遂行します。
以下がそれら組織の全容です。